Ubuntu desktopでネットワークの設定をコマンドから行う方法
Configuring your network via the CLI will likely interfere with Network Manager or wicd. To counter this, disable the startup script of either application or completely remove the packages.
NetworkConfigurationCommandLine/Automatic - Community Help Wiki
ということなので、Network Managerやwicdを止めれば、/etc/network/interfacesで設定が可能になるらしい。