pfsenseマシンの候補

http://shuttle-japan.jp/ds77u/

Quantum espresso v6.1のコンパイル

Intel Parallel Studio XE 2015を使ってコンパイルした。
また、IntelコンパイラでmakeしたOpenMPI 1.10.6を使った。

export PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/bin/intel64:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/lib/intel64

OpenMPIのconfigureは以下の様な感じ。

% ./configure --enable-static --prefix=some_openmpi_directory --enable-contrib-no-build=vt --with-sge

make && make installしたのち、OpenMPIにパスを通す。

export PATH=some_openmpi_directory/bin:$PATH

Quantum espressoのconfigure。

% ./configure FFT_LIBS="/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a" 
 LIBDIRS="/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/lib/intel64"

自動生成されるmake.incの中のSCALAPCK_LIBSとIFLAGSに変更を加える。

SCALAPACK_LIBS = -L/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64
>

IFLAGS = -I$(TOPDIR)/include -I../include/ -I/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/include -I/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/include/fftw
|

% make -j8 pw

./bin/に実行ファイル*.xのシンボリックリンクができる。
make installは*.xファイルを適当なところにコピーするだけなのでたぶん不要。

% mpirun pw.x -i some_input.in > some_output.out

設定ファイル
http://www.quantum-espresso.org/wp-content/uploads/Doc/INPUT_PW.html

Static link関係
ARCHER » Compiling Quantum Espresso 5.0 on ARCHER (XC30) using Intel's MKL library
./configureした後に、make.sysをいじる。

Emacs, zsh, iTerm, tmux, macOSの暗い色設定

Emacs

atom-one-darkのインストール
M-x package install RET atom-one-dark
使っているディスプレイに対してコントラストが足りないので
atom-one-dark-theme.elを変更。

    ("atom-one-dark-fg"       . "#D0D0D0") ;; orig ABB2BF
    ("atom-one-dark-mono-3"   . "#A0A0A0") ;; orig 5C6370

Emacsのtitle barを暗くする方法は無くはなさそうだけど(たとえば
GitHub - railwaycat/homebrew-emacsmacport: Emacs mac port formulae for the Homebrew package manager
先延ばしにする。

zsh

.zshrc

PROMPT='%F{green}%n%f%F{white}@%F{green}%m%f%# '
RPROMPT='%F{green}[%~]%f'
dircolors
DIR 00;33 # yellow
LINK 00;36 # cyan
 # archives or compressed (green)
.tar 00;32
# image formats (magenta)
.jpg 00;35
iTerm

Color presetsのDark backgroundを使用。Backgroundの色を40 44 52に変更。
Preferences -> Appearance -> Themes [Dark]

tmux

ステータスバーの色変更。

set-option -g status-bg black #base02
set-option -g status-fg white #yellow
macOS

System preferences -> General -> Appearance [Use dark menu bar and Dock]

homebrewに移行を検討

brew install wget
brew install gcc@6
brew install tmux
brew install coreutils
brew install imagemagick
brew install aspell --with-lang-en
brew cask install iterm2
brew cask install osxfuse
brew install sshfs
brew cask install emacs
brew install gnuplot --with-x11 --with-cairo --with-wxmac
brew options gnuplot
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

Emacsでのapellの設定

(setq ispell-program-name "/usr/local/bin/aspell")
(setq ispell-list-command "--list")

tmux内からopen(macOS)を使う

brew update
brew install reattach-to-user-namespace
brew upgrade reattach-to-user-namespace
echo "set -g default-command \"reattach-to-user-namespace -l ${SHELL}\"" >> ~/.tmux.conf

Unable to use 'open' command in OSX tmux

travis-CIでのwheel buildとPyPIデプロイ

このページで用意されている環境を使う。GitHub - pypa/python-manylinux-demo: Demo project for building Python wheels for Linux with Travis-CI

  • travis-CI上のpython-manylinux-demo dockerイメージを起動。
  • カレントディレクトリをdocker内の/ioにマウント。
  • docker内でビルドされたwheelが/io/wheelhouse/以下に入る。
  • setup.pyの置いているディレクトリにdistディレクトリを作りwheelhouse/からdist/へwheelをコピー。wheelhouseはカレントディレクトリから見える。
  • あとはtravis-CIのdeploy環境がdist以下のファイルを自動的にデプロイするので、deployの設定を正しく行う。

deploy環境ではPyPIデプロイにtwineが必要。インストールする必要があるがpipではうまくいかなかったので、minicondaからconda環境を作りcondaでtwineをインストールしてパスを通したらとりあえずうまくいった。たぶん。

その他参照元
manylinux1 wheel を作ってみる - methaneのブログ

Ubuntu 14.04 serverから16.04のアップデートでハマる

  • interfaceの名前がeth0からens3に変わってしまって、ネットワーク接続できなくなった。
  • ganglia web serviceの設定が消えるので$default_metric = "cpu_report";をconf_default.phpに設定する。

KVMVNC

一つ目のVMvncのデフォルトポートは5900。パスワードは次のコマンドで確認できる。

% virsh edit vmname

以下のような感じでpasswdが設定されている。

<graphics type='vnc' port='-1' autoport='yes' listen='0.0.0.0' passwd='hoge'/>

二つ目以降順次5901, 5902となっていく模様。5900 + xのxは次のコマンドで確認できる。

% virsh vncdisplay vmname
:1

の場合、5901がポート番号。MacOSの場合、Finder->Go->Connect to serverから

vnc://hostmachine:5901

のようにして接続できる。

KVMメモリサイズ変更

% virsh edit mydata

VirshコマンドによるKVMゲストOSの管理 - Qiita