USB LANアダプタ

Macでドライバインストール不要らしい。
USB-LAN1000R|製品仕様|PLANEX

anacondaのopenblas on Mac

anacondaチャネルのMac用のlibgfortran(3.0.1)が壊れているようだ。代わりにconda-forgeチャネルのlibgfortran(3.0.0)を入れたらうまく動いた。でもこれだとmklをリンクしたnumpyが使えない。そこで、anacondaのlibgfortran(3.0.0)を使いたい。うまくインストールしないとlibgfortranが3.0.1にアップグレードされてしまうのでインストールする順番が大事だ。まず必要なパッケージを一通りインストールしたのち、libgfortranをダウングレードすると、依存するパッケージも自動的にダウングレードされるので簡単にlibgfortran(3.0.0)を中心とした環境ができた。

conda install libgfortran=3.0.0

openblasはlibgfortran=3.0.0のインストールの後にインストールする。そうでないと依存関係がうまく解決できなくなる。

anacondaのhdf5

anacondaチャネルのhdf5(1.10.1)が壊れているようだ。hdf5(1.8.17)は大丈夫そうなのでダウングレードする。(libgfortran=3.0.0すると自動的にダウングレードされる)

conda install hdf5=1.8.17

Travis-CIで、conda install中にコケる

こんな感じでこける。

CondaError: IOError(11, 'Resource temporarily unavailable') travis

よくわからないけど、おまじないみたいなもので解決した。
TravisCI builds failing with latest Miniconda · Issue #6487 · conda/conda · GitHub
Large writes to stdout sometimes fail with "Resource temporarily unavailable". · Issue #4704 · travis-ci/travis-ci · GitHub

homebrewに移行を検討

brew install wget
brew install gcc@6
brew install tmux
brew install coreutils
brew install gnu-tar
brew install imagemagick
brew install aspell --with-lang-en
brew cask install iterm2
brew cask install osxfuse
brew install sshfs
brew cask install emacs
brew install gnuplot --with-x11 --with-cairo --with-wxmac
brew options gnuplot
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

Emacsでのaspellの設定

(setq ispell-program-name "/usr/local/bin/aspell")
(setq ispell-list-command "--list")

tmux内からopen(macOS)を使う

brew update
brew install reattach-to-user-namespace
brew upgrade reattach-to-user-namespace
echo "set -g default-command \"reattach-to-user-namespace -l ${SHELL}\"" >> ~/.tmux.conf

Unable to use 'open' command in OSX tmux

Emacs, zsh, iTerm, tmux, macOSの暗い色設定

Emacs

atom-one-darkのインストール
M-x package install RET atom-one-dark
使っているディスプレイに対してコントラストが足りないので
atom-one-dark-theme.elを変更。

    ("atom-one-dark-fg"       . "#D0D0D0") ;; orig ABB2BF
    ("atom-one-dark-mono-3"   . "#A0A0A0") ;; orig 5C6370

Emacsのtitle barを暗くする方法は無くはなさそうだけど(たとえば
GitHub - railwaycat/homebrew-emacsmacport: Emacs mac port formulae for the Homebrew package manager
先延ばしにする。

zsh

.zshrc

PROMPT='%F{green}%n%f%F{white}@%F{green}%m%f%# '
RPROMPT='%F{green}[%~]%f'
dircolors
DIR 00;33 # yellow
LINK 00;36 # cyan
 # archives or compressed (green)
.tar 00;32
# image formats (magenta)
.jpg 00;35
iTerm

Color presetsのDark backgroundを使用。Backgroundの色を40 44 52に変更。
Preferences -> Appearance -> Themes [Dark]

tmux

ステータスバーの色変更。

set-option -g status-bg black #base02
set-option -g status-fg white #yellow
macOS

System preferences -> General -> Appearance [Use dark menu bar and Dock]

ipython

% ipython --TerminalInteractiveShell.highlighting_style="paraiso-dark"

Color scheme in 5.0 · Issue #9541 · ipython/ipython · GitHub
Terminal IPython options — IPython 6.2.1 documentation

Quantum espresso v6.2のコンパイル

Intel Parallel Studio XE 2015を使ってコンパイルした。
また、IntelコンパイラでmakeしたOpenMPI 1.10.6を使った。

export PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/bin/intel64:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/lib/intel64

OpenMPIのconfigureは以下の様な感じ。

% ./configure --enable-static --prefix=some_openmpi_directory --enable-contrib-no-build=vt --with-sge

make && make installしたのち、OpenMPIにパスを通す。

export PATH=some_openmpi_directory/bin:$PATH

Quantum espressoのconfigure。

% ./configure FFT_LIBS="/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a" 
 LIBDIRS="/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/lib/intel64"

自動生成されるmake.incの中のSCALAPCK_LIBSとIFLAGSに変更を加える。

SCALAPACK_LIBS = -L/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64
IFLAGS         = -I$(TOPDIR)/include -I$(TOPDIR)/FoX/finclude -I../include/ -I/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/include -I/opt/intel/composer_xe_2015.7.235/mkl/include/fftw
% make -j8 pw

./bin/に実行ファイル*.xのシンボリックリンクができる。
make installは*.xファイルを適当なところにコピーするだけなのでたぶん不要。

% mpirun pw.x -i some_input.in > some_output.out

設定ファイル
http://www.quantum-espresso.org/wp-content/uploads/Doc/INPUT_PW.html

Static link関係
ARCHER » Compiling Quantum Espresso 5.0 on ARCHER (XC30) using Intel's MKL library
./configureした後に、make.sysをいじる。