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macOS, conda, clang

cmakeを実行した時のcmakeの環境テストでこける。condaのclangとシステムに入っているライブラリとの間でコンフリクトが起こっているようだ。状況によってはactivate_clang_osx-64.shの中の以下の行をコメントアウトすれば、cmakeが通る（こともある）。

  "CONDA_BUILD_SYSROOT,${CONDA_BUILD_SYSROOT:-$(xcrun --show-sdk-path)}"

ただ、同様に用意したつもりの別のmacでは問題が起こらなかったりと、本当の原因がよくわからない。

やっぱりダメだ。cmakeするときだけ、export CC=clangとして今は回避できている。

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LAPACKE_dsyevd

LAPACKE_dsyevd()がメモリが足りないと怒る。ググっても情報がない。なぜだろうか。LAPACKE_dsyevd_work()を叩いてみるか。

LAPACKE_dsyevd()のコードを見てみると、lworkがlapack_int型になってるけど、これは実質int型（lapacke.hのなかで、#define lapack_int intとなっている）。つまり、現行のx86-64システムだと32bitのsigned integerだから、lworkがあまりに大きいとoverflowする。

これを踏まえて、lworkをlong型にしLAPACKE_dsyevd()を真似てLAPACKE_dsyevd_work()を直接呼んでみたら、期待通り動いた。安全かどうかわからないけれど。

以上はOpenBLASでの話。MKL2015ではコケた。

Intel MKL ERROR: Parameter 8 was incorrect on entry to DSTEDC.
Intel MKL ERROR: Parameter 12 was incorrect on entry to DORMTR.

バグかな。最新版を試す必要がありそう。

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valgrind

なぜだか結局mallocから逃げられない。その順当な結果としてメモリリークしてしまう。自動でチェックできるようにtravis-CIの中でvalgrindを走らせたい。valgrindはconda-forgeに入っているので、それをインストールすればよい。しかし、システムのgccを使うとvalgrindが動かない（libcのコンフリクトかな）ので、コンパイラもcondaでインストールする。実マシン上ではこれで問題なくvalgrindが動く。一方、travis-CI上ではコンパイラのインストールの途中でcondaのパッケージが取れずにコケてしまうので一時休止。

ところで、valgrindの出力のInvalid read/writeがよくわからない。例えば以下のページに書いてあるような場合は明白だ。

可変長配列を関数に渡した時に、invalid read/writeが起こるが、配列と同じ形のメモリをmallocで確保した場合はinvalid read/writeが起こらない。なぜかわからない。